Habe auch gerade Probleme mit diesem RTE.
Wenn ich das richtig lese, dann hast du .proc Setting in der normalen pagetsconfig.txt deiner gewählten Konfig (typical=) angegeben. Da es eine generelle Config für .proc Direktiven zu geben scheint (in /res/proc/), weiß ich nicht, ob diese von deinen überlagert wird, wenn dort z.B. align Tags entfernt werden.
Auch sehe ich "align" nicht in deiner "allowTags" Liste.
So gut kenne ich mich nicht aus, aber ich denke doch, das sollte da rein, oder machst du align-Tags nur in <p> oder <div>?