Hallo,
ja du kannst so ziemlich alles machen was du aufgezählt hast. Eigene Templates nutzen, die du dann einfach so mit sogenannten Markern etc anpassen musst damit Typo3 weiß wo es die Inhalte, das Menü ausgeben soll. CSS etc alles kein Thema. Am Besten ist es um in Typo3 Fuss zu fassen mit einem Buch zu beginnen. Nimm oben den Shop Link da sind genug Bücher zum Einstieg zu finden, ich kann dir z.B das Buch :
Einstieg in TYPO3 4.0. Installation, Grundlagen, TypoScript (Galileo Computing)
sehr empfehlen. Wirst dort Schritt für Schritt hindurch geführt mit vielen praktischen Beispielen.