Ist das Layout der Seite auf CSS basierend? Wenn ja solltest du wie du schon gesagt hast ein spezielles CSS für den IE6 (IE's stellen es fast immer anderster dar) erstellen. Das ganze ist mehr ein CSS Problem und hat mit Typo3 nicht direkt was zu tun.
Browserweichen kannst du im TypoScript erstellen.
TYPO3.net - Das deutsche TYPO3-Portal:browser TYPO3.net - Das deutsche TYPO3-Portal:version