Den kannst du überall konfigurieren. Es vererbt sich alles!
Wenn du auf der Rootseite Wert1 festlegst und auf einer Unterseite Wert2 wird dann auf der Unterseite und dessen Unterseite Wert2 verwendet.
Oder verstehe ich deine Frage falsch?
ein guter Link:
Wie konfiguriert man den RTE htmlArea?: Site42 - Antworten zu Fragen rund um TYPO3 und CSS