Daß unter Linux Flash immer über allem Anderem liegt und auch das wmode="transparent" nicht wirkt ist ein bekanntes Problem. Auch bei der ImageLightbox usw.
Die Einzige mir bekannte Lösung dafür ist leider mit extremen Aufwand verbunden:
HTML div above a Flash animation on Linux - it’s possible! « marcoos.techblog
Kurz: mit einem absolut positioniertem iframe kann man das Flash überdecken, darüber kann dann der eigentliche Inhalt dargestellt werden.