In der Windowsversion fehlen Symlinks, generell kann man aber Windowsversionen auch auf Unix laufen lassen, dann sind alle Dateien halt in einem Hauptordner.
Fraglich ist nur was ihr entfernt habt - ich habe nie was aus dem Typo3-Verzeichnis entfernt, wenn ich Windowsversionen auf Linux kopiert habe; und bei mir lief es.
__________________ Viele Grüße
David 
TYPO3 4.1.6 | Win XP | Apache 2.0.52 | MySQL 4.0.23 | PHP 5.0.3
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