Hatte letztens den selben Spaß mit Typo3 3.6 auf 4.1. ImGrunde genommen hat alles ohne Probleme funktioniert, nur die Tabellen des tt_news Moduls musste ich nochmal manuell in die DB einfügen.
Vorgegangen bin ich wie folgt:
1. Backup von deinem Webroot und Deiner DB
2. Diese Anleitung:
typo3.org: Documentation: Typo3 Installation and Upgrading (Upgrade TYPO3)
Also wie gesagt, mit einem vernünftigen BAckup kann nichts schief gehen. Ich habe mir die kopmlette Seite auf mein System installiert (xampp), das update gemacht, und die neue, funktionierende version einfach auf die Live Umgebung neu aufgespielt.