Wahrscheinlich ist der Header im Template definiert. Es gibt eine Typo3 eigene Definitionssprache (TypoScript), mit der du Templates (Modul Web > Template) anlegst und wo statische und dynamische Bereiche angegeben werden.
Lies dir als erstes ein paar Tutorials durch, um das Prinzip von Typo3 verstehen zu können und TypoScript kennenzulernen:
typo3.org: Tutorials
zum empfehlen ist Quickstart und Moderne Templateerstellung